这次新型亚型如何被发现的？mNGS首功！

同类型的一新型病原是如何被推断出的？昌遗传若无质PCR（mNGS）首当其功！当年SARS，怀疑过比如说菌、芽孢、病毒感染等芽孢感染，再一呆了很池田下才推断出是病原芽孢感染。如今mNGS问世，转变了大肠杆菌生命体化学的病因一新格局！这次从配病到病因，只有粗壮粗壮几天小时！上头就简单讲解一下mNGS.

除此以外三十年，组学研究者长期是近期，最早是蛋白质组学，然后是蛋白质组学，如今一新兴组学各个领域则是被显然最有机遇的昌蛋白质组学（Metagenomics）。昌蛋白质组学（Metagenomics）又叫动若无细胞生态蛋白质组学、元蛋白质组学，通过并不需要从生态样品中但会分离出同类型部动若无细胞的DNA或RNA，构建昌遗传若无质文库，利用蛋白质组学的研究者手段研究者生态样品所包涵的同类型部动若无细胞的遗传均是由、群集动态，并可开配一属于自己生理活性微粒（或赢得一新遗传若无质）。

2014年波士顿期刊另据了一个通过昌遗传若无质主要用途扫描皮肤病了一位状况未公开、一一配热、较强癫痫及脑积水病因的14岁孩子们的案例，这是历史上首个昌遗传若无质药理学运用于失败的案例。文中另据这个如前所述治疗法及大肠杆菌筛选都未确诊状况，随后对脑脊凝胶试样mNGS筛选，融合生命体资讯学归纳结果推断出一种知悉的蛔虫leptospira infection，随后技术性地用到低剂量和头孢赢出肟治疗法后住院。该的团队确认这是一种尚未另据过的大肠杆菌动若无细胞。由此，药理学昌遗传若无质迟至应主要用途动若无细胞病因达到高潮了帷幕。详尽见：NEJM：一新一代PCR运用于补救危重病孩子们

随着遗传若无质PCR运用于的迅猛配展，基于二代PCR的昌蛋白质组学（昌遗传若无质PCR）已是了药理学的出发点。昌遗传若无质PCR（mNGS）是区域性归纳来自病患试样的动若无细胞和病原体的遗传若无质微粒（DNA和RNA）的法则，应主要用途多种芽孢病原病因的病因、病因和健康完全下生命体化学归纳、同类型人类病原体化学反应对芽孢感染扩散的形态化、识别不足之处病毒感染。昌遗传若无质PCR（mNGS）描述了试样中但会配挥抑制作用的所有DNA或RNA资讯，从而都能归纳整个动若无细胞组以及病患试样中但会的同类型人类病原体遗传若无质或转录组，让感染性动若无细胞无所遁形。

在药理学芽孢病原寄生虫找寻的过程中但会，药理学心理医生常会但会面对一新配寄生虫往往想不到、见地芽孢感染寄生虫偏偏、或者由于扫描运用于受限知道没扫描到的困境，原先的药理学主要用途病因方式也与药理学的急迫需要求之间还配挥抑制作用着非常大的两者之间。而mNGS (昌蛋白质组学二代PCR运用于) 在“理论上”都能问道药理学心理医生的上述或许，今后已补救药理学芽孢病原病因诊治的其余部分难于。

mNGS作为一种不需要培育出的一新型运用于，可以深入并能鉴别芽孢感染寄生虫，彼此之间较传统培育出法则以外更较高特异性的同时又与“准确诊疗”的理念彼此之间紧密融合。Gyarmati 等在2016年配表的一篇文献中但会表明，mNGS可以并不需要从血凝胶试样中但会鉴别没法培育出的、苛养的以及非芽孢 (病毒感染和地衣) 寄生虫。除此之外，mNGS可以主要用途黄热病预防，较强并不需要从药理学试样中但会获的寄生虫扩散若无证的潜力。2014年，Hasman等表明mNGS可主要用途尿凝胶试样中但会寄生虫以及耐药遗传若无质的扫描，而且不仅耐药遗传若无质的扫描结果与药敏测定试彼此之间符，也与基于则有培育出若无的同类型遗传若无质PCR (S) 的进化归纳结果彼此之间匹配。越来越多的案例以及药理学研究者表明mNGS主要用途药理学病因的可行性以及诸多劣势，使得mNGS已是平庸寄生虫病因法则的“热门选举前”。

mNGS有哪些用途呢？

上头这张图良好地总括和说明了。二代PCR不仅可以主要用途大肠杆菌学扫描，也可以在大肠杆菌培育出后做尺度的二代PCR，甚至同类型遗传若无质归纳。现在主要主要用途药理学的还是药理学骨骸大肠杆菌学扫描，通过扫描可以知道骨骸中但会含有的寄生虫。如果PCR量都能同类型面性突破，它除了可以把骨骸中但会里所有动若无细胞的碱基测定出来外，也可以把药剂表达的所有RNA测定出来，试图推论定植或者芽孢感染。比如铜绿；也单胞菌测定出来后，药剂有未针对它产生炎症化学反应，还可以推论是定植还是芽孢感染，但迄今为止还在揭示期中，尚如前所述未主要用途药理学。

对于混合芽孢感染，mNGS也有天然的劣势

对于混合芽孢感染的病因，与传统法则彼此之间较，NGS较强更较高的特异性。

然而，在归来光明坦途，为药理学获取“旅游服务”补救方案之前，mNGS仍有一段崎岖不平沿路需要艰难前行。首先，面对血凝胶、痰凝胶、脑脊凝胶、有组织、拭子等纷纷杂杂的骨骸类型，如何创建统一的碱基分离出规格使得寄生虫的扫描准确度最大化难于重重。病原体碱基也是不良影响寄生虫扫描的更是因素所，在碱基分离出该集，怎么样毕竟理论上去除病原体碱基，氟化若无寄生虫碱基，进而提较高mNGS的高频率也是病痛之一。

在PCR该集，如何依据关注的寄生虫类型选择适当的PCR手段？如何为重PCR尺度、交付给小时以及所需要经济体制生产成本等诸多因素所？这些弊端依然是今后面对的非常大的下一场。

另外，在测定试该集加入质控试样关键。平庸的质控应适主要用途多种不同芽孢感染症候群以及互换的各种试样类型，涵盖中性质控、比如说质控以及加入寄生虫或则有DNA的人工模拟质控试样。然而，mNGS同类型面布满的法则学优点为选取何种寄生虫作为中性质控增加了难度，药理学实践中但会又该如何获取经过审批的大批量比如说对照试样也是弊端之一。

在生命体资讯不足之处，近来有研究者评核了多种不同的生信归纳法则的得失。原先的法则不仅解法配挥抑制作用区别，而且所用的数据源也各有多种不同，加剧在寄生虫鉴别能力以及彼此之间对重元素计数不足之处出现不同点。在mNGS生信归纳系统设计不足统一规格的才会，用到者基于个人成果、可及性以及简便性选用生信归纳该软件，但会对测定试重复性以及结果可靠性造成影响，已是mNGS的药理学规格化障碍。

因此，该研究者课题关注碱基分离出和生命体资讯归纳两个重要该集，对比评核三个人源病原体去除还原剂盒 (Ultra-Deep Microbiome Prep 、QIAamp DNA Microbiome Kit、Micro-DXTM) 以及多种原先商用或非商用生命体资讯工具的得失。

研究者成果采集9个体凝胶 (腹膜凝胶、脓凝胶、关节凝胶、痰凝胶) 试样和1个骨有组织骨骸进行PCR，之后分别用到多种不同的生命体资讯该软件比如基于Unix子系统 (Kraken、Metaphlan2和MIDAS)、基于该网站初版的商用或非商用 (BaseSpace、Taxonomer和CosmosID) 归纳该软件与商用工作站 (CLC genomics Workbench)。他们推断出多种不同试样的机上数据量及人源脱氧核糖核酸占比区别较大 (3.5%-98.9%)，其中但会人源占比与试样类型无关，与每个试样自身的优点以及去病原体还原剂盒的效率有关。

本文中涉及的mNGS生信归纳该软件

以培育出或MALDI-TOF为金规格，研究者成果评核计数了每种归纳该软件的寄生虫鉴别个数以及其互换的中性、；也中性、特异性等模板。在药理学实践中但会，一新科技都能同时具备较强较高特异性和较高中性预测定值 (PPV)。用到Kraken和Taxonomer这两个流行的该软件可以注意到其扫描到数十到数百种动若无细胞，计数赢得的PPV大幅降低。虽然设置阈值过滤对补救这一弊端有益，但阈值究竟设置为多少仍配挥抑制作用争论。另外，该软件需要区域性用到多个模板，如彼此之间对重元素、遗传若无质大小、遗传若无质布满率等主要用途寄生虫的鉴别。

研究者成果也在比如说质控试样中但会检验1%的人光亮杆菌，他们归纳光亮杆菌的检验也许是生态或试样间的酸雨、PCR还原剂引入或生命体资讯归纳的引人注意遗传若无质脱氧核糖核酸等状况加剧。故事情节菌的弊端也在多个研究者中但会被提过，这些检验的寄生虫在试样中但会否真实配挥抑制作用？酸雨、定植还是感染性如何区分？运用于研配管理人员，生命体资讯管理人员、动若无细胞医学专家以及药理学心理医生也面对着不断升级的下一场。总结说来，迄今为止mNGS的药理学运用于面对如下四个下一场：

面对如上的下一场，我们也巧遇了一系列的或许。编者本期取材了两个关于mNGS药理学医学专家常但会问到的弊端，从今后运用于配展的角度出配，所述如下的尝试性解答。

为什么有些试样培育出中性了、碱基扫描中性了、mNGS未检验来？这个运用于是不是不行？

任何药理学扫描都要考虑医疗保健经济体制生产成本，这也是一新科技mNGS的顾及因素所之一，使得迄今为止mNGS经济体制生产成本与高频率之间都能为重。药理学试样较强彼此之间当较高的复杂性，而且很多寄生虫芽孢感染后含量较高或用药后取样加剧大肠杆菌数目降低，在特典数据量的才会，靶大肠杆菌由于资讯太少而被丢失。

由于这些下一场造就的扫描局限于，往往就但会有鉴于此药理学心理医生形成认识局限于，所以我们惊醒药理学心理医生对mNGS动态的不认可的音调。虽然扩大数据量是手段之一，但在医疗保健经济体制生产成本的特典下总有限度。通过氟化若无寄生虫，进一步降低PCR数据量，进而提较高高频率；扫描较宽片段，进而提较高特异性是我们与药理学迄今为止以及未来同心协力的方向。

药理学心理医生经常级联mNGS扫描结果是一个寄生虫列表，确实哪个或哪几个大肠杆菌才是元凶？

多个大肠杆菌的检验主要如下两个不足之处状况：

mNGS运用于解法配挥抑制作用粗壮脱氧核糖核酸引人注意遗传若无质脱氧核糖核酸，更是针对其余部分同类型人类遗传若无质大幅降低的种群，因此其在这类同类型人类遗传若无质大幅降低的种群中但会归类意义就打了折扣。如何补救一个粗壮脱氧核糖核酸同时比较到多种寄生虫弊端呢？迄今为止我们的研配管理人员即将并能的开配形态遗传若无质数据源，多个数据源的启用将但会有所增加寄生虫的准确遗传若无质脱氧核糖核酸能力。

多大肠杆菌共芽孢感染、 原配芽孢感染与继配芽孢感染的多大肠杆菌芽孢感染或呼吸道粪便，肠道粪便开放体系本身的动若无细胞自然生态等状况将但会加剧多种寄生虫检验。这实际上不是运用于本身局限于，而是药理学医学弊端。培育出法则、质谱法则、多重PCR法则也但会检验多个寄生虫，最终的病因论证都能有药理学病因的不足之处资讯介入、也都能药理学芽孢感染心理医生的共同完成参与，没法仅靠扫描补救一切弊端。在充分缩编报告的才会，多寄生虫列表展示的劣势抑制作用在于一不足之处获取也许的理论上若无证，另一不足之处人口为129人准确清晰的药理学资讯时可以主要用途药理学病因。

对于mNGS来说，可以说为大肠杆菌学病因又打开了一扇一属于自己窗户，我们一定要直白的实践，要了解它的劣势和缺点，但是摘下结果时要小心求证，掌握一新最前沿。

原始引自：

Couto, N., Schuele, L., Raangs, E. C., Machado, M. P., Mendes, C. I., Jesus, T. F., ... Bell Autenrieth, I. B. (2018). Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens. Scientific reports, 8(1), 13767.

Gyarmati, P. et al. Metagenomic ysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced

neutropenia. Sci. Rep. 6, 23532 (2016).

Hasman, H. et al. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical