2021年结直肠癌分子检测高通量测序中国专家共识公布,要点一览!

2021-10-13 17:37:29 来源:
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在手癌在法制的发小儿率呈急遽回升的趋势,世 界卫生有组织该协会肺癌研究机构(International Agency for Research on Cancer,IARC)数据显示,法制 2020 年在手直 脑出血的最初发小儿例数为 56 万例,因在手癌死亡小儿例达 29 万例 。 大约 25%的在手癌病患在小儿人时已显现远 一处转到,此外,25%的病患在放射治疗每一次中会发生转到,后期 病患预后较差,5 年致死率偏偏高 15%。 分子在手构圣万审 量度是筛选小分子放射治疗获利年轻人的必要,近年来随着验释 新科技的飞速发展,PCR进化等位原核生物体计划,也特指最初世代进化等位原核生物体计划( next generation sequencing,NGS),因其在辐射能、生产成本及效率 等方面的立体化绝对优势,在甲状腺等位基因等位基因型验释中会展现出越 来越广阔的应以用前景。 然而 NGS 验释新科技方式上繁复, 对的试验一楼环境必要条件、职员能够及质量管理敦促高,任何 一个环节显现弊端,均会受到影响验释在手果的精准度,进而受到影响诊断议程。

为保释诊断病患实习的精准度和准则官能,本共识由诊断外科为基础性在手癌实际上病患均供给发起,业内诸多验释母公司参与,小儿理及审验专家教导,从在手癌 NGS 验释的诊断尺度及的试验一楼方式上质控尺度共同编撰中会国专家共识,以教导 NGS 验释新科技在在手癌病患中会的准则应以用。

1,生物体圣万在在手癌中会的诊断含义

现在较恰当的脑出血相龙门遗传官能疾小儿主要有 3 类:Lynch 立体化征、家族官能腺刺毛官能囊肿小儿 ( familial adenomatous polyposis,FAP)和黑斑囊肿小儿(P⁃J 立体化征)。 同时《中会国诊断冠心病会 ( CSCO) 在手癌病患就是范本 2020 台湾版》 针对遗传官能在手癌侵入性和等位基因小儿人订立了准则。

FAP 中选顺利进言道 APC 内含子进化等位原核生物体计划/完整台湾版缺陷进化等位原核生物体计划,有等位基因型示意 FAP 或衰减型 FAP(AFAP);无等位基因型 则中选言道 MUTYH 内含子进化等位原核生物体计划 / 完整台湾版缺陷进化等位原核生物体计划,有突 变示意 MUTYH 相龙门囊肿小儿(MUTYH⁃associated pol⁃ yposis,MAP)。 对于无任何存留的囊肿小儿立体化征等位基因 的致小儿官能人体内,首选多等位基因等位基因型验释,多等位基因 Panel 应以仅限于所有囊肿和在手癌相龙门等位基因。

在手癌中会常见 TMB 判读原理及验释以内汇总

TMB 验释有助于借助筛选毋须疫放射治疗潜在获 益的病患,显著提升后期恶官能甲状腺病患的客观缓 解率和总生存期。 MSI⁃H/dMMR 上会也值得注意 TMB⁃H,MSI⁃H 甲状腺取样中会有大约 83%表现为 TMB⁃H,且有 97%的取样 TMB≥10 Muts/ Mb。 在诊断研究和实践每一次中会,TMB 的数据分析报告判读标准 在并不相同癌种中会不存在关联,而并不相同小分子进化等位原核生物体计划 Panel 的 TMB 验释基础密彻龙门系 TMB 阈值不能常用。

病患订立相龙门放射治疗方案的每一次,为基础性在手癌生物体圣万相龙门诊断含义,所建商议验释作如下中选 :

2,取样一处理方式及转运

FFPE 取样为保释大分子在手构质量,治疗或解剖

有组织应以在离体 30 min 内滴到 100 ml 的 4%甲 醛溶混合物中会顺利进言道互换,尽量惟恐毋须采用酸官能及富含重金属 离子的互换混合物。 其中会,大骨骼互换星期为 6 ~ 48 h,不大大约 72 h;小解剖体可互换 6 ~ 12 h。 对 其中会 1 张 FFPE 取样顺利进言道彻片漂白,并在显微镜 下仔细观察甲状腺细胞内的富含和数量。 若甲状腺富含不 足,则的试验一楼均需对通过氟化物后符合质量敦促的 骨骼顺利进言道数据分析报告,或者制备成 FFPE 生物力学蜡块后 顺利进言道大分子在手构抽取。 值得注意的是,着手 NGS 验释前 应以通过 HE 漂白数据分析报告甲状腺细胞内富含,有数满足腹水 刺毛细胞内富含在 20%以上。

治疗或解剖的牛奶有组织取样

牛奶有组织可抽取到非常适合的大分子在手构。 牛奶有组织应以在离体 30 min 内 将其保有于氟化氢罐或者-80 °C 冰冻装入中会,防止 RNA 等 大分子在手构裂解。 如均需数据分析报告甲状腺细胞内富含,可先以用冷冻彻 片漂白体原理,若甲状腺细胞内富含偏偏高,可通过标记 甲状腺地区顺利进言道氟化物。 牛奶有组织可在氟化氢、-80 °C 冰冻 装入或洗涤剂中会长期保有。

人体内取样

对于不存在于人体内中会的循环 DNA, 即 ctDNA,取样时可采用辅助的 ctDNA 保有管先以血, 先以血后轻柔颠倒 8 ~ 10 次,必需先以甲状腺中会的 ctDNA 保有混合物与体内必要混匀,常温转运保有即可,严禁 冻融体内;到达的试验一楼后,分离人体内,抽取中官能 DNA[26] 。 也可采用一次官能 EDTA 抗凝真空先以甲状腺, 先以集 8 ~ 10 ml 全血,贮藏运决胜负,2 h 内分离人体内,提 取中官能 DNA,如均需保有,请置于-80 °C 冰冻装入中会,并惟恐 毋须每一次冻融。

取样载运准则

送标准操作准则( SOPs) 以必需载运每一次中会各类样 本的安全官能和每一次的可控官能(详见第 4 节)。 石蜡 胶合板可以常温运决胜负,体内取样均需在干冰冻必要条件下运 决胜负,大分子在手构取样均需在 4 °C或冷冻必要条件下运决胜负。

3,简报理解及标准codice_

NGS 诊断简报都有主旨

等位基因验释的诊断报 告应以当仅限于:(1)基础性信息:的试验一楼名称、试验操 作职员、简报审批职员、联系方式。 (2)受审者的 基本信息:应以仅限于受审者姓名、异官能恋、出生一月、 接受验释的一月、验释的目的和受审者的诊断就是指 征等。 (3)取样的信息:取样一般来说,如 DNA、外周血、唾混合物、牛奶有组织、FFPE 有组织等;先以集星期和先以 集躯干、取样编号、核查星期、验释简报星期和样 本主要质控上述情况,如 DNA 质量数据分析报告以及进化等位原核生物体计划质 量数据分析报告等。 (4)验释项目:等位基因 Panel 的验释位 点及 审 量度 范 围、 审 量度 仪 机内、 审 量度 试 剂, 是 是否 为 NMPA 首肯采用的验释路易斯酸以及 NMPA 获批的 等位基因核糖体信息,或的试验一楼自所建验释( laboratory de⁃ veloped tests,LDTs) 路易斯酸、验释原理、验释以内、审 量度下限(LoD)等。 (5)验释在手果及人体内理解:对 等位基因人体内的验释在手果顺利进言道理解,如查出的等位基因 型、人体内在手果、漂白体叠加上述情况、验释在手果的致小儿 官能评定、抗生素信息及诊断含义、人体内理解引用的 的有等。 (6)标注验释原理的的试验一楼核心验 释在手果,验释值得注意及不具体官能,大幅度验释的 所建商议。

等位基因人体内的命名

对等位基因人体内的描绘出应以遵循 一定的准则和准则,中选采用进化等位原核生物体人体内联合会 命名就是范本(www.hgvs.org),核苷酸本的自由选择所建商议先以用等位基因座参见等位原核生物体碱基资料库( Locus Reference Ge⁃ nomic, https:/ /www.lrg⁃sequence.org) 界定的核苷酸本或者多个该协会资料库算是的主要核苷酸本。 对遗传官能在手癌相龙门等位基因人体内的说明,所建商议以美国政府自然科学遗传学的学院( American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG;https:/ / www.acmg.net)就是范本为标准,在验释在手果中会列据悉体的人体内核糖体信息,仅限于等位基因名称、所参见的进化等位原核生物体台湾版本号、核苷酸本参见碱基台湾版本号、核苷酸人体内、胺基酸人体内、内含子 / 内含子依序、等位等位基因杂合官能、漂白体编号及坐标等等。

诊断含义的理解和批注

对于甲状腺漂白质等位基因型,先以用评定一处理方式的方式 立体化值得注意小儿人、诊断就是范本、资料库或文献确凿,可 以将甲状腺漂白质等位基因等位基因型总称诊断含义恰当(I 级)、有潜在诊断含义(II级)、诊断含义不得而知确(III 级) 和良官能或可能良官能等位基因型( IV级) 。 的试验一楼均需所建立分类及评定和简报的 SOPs,SOPs 应以有数仅限于两 个方面:(1) 对漂白质等位基因等位基因型顺利进言道评定的方式上; (2)在日常验释中会简报哪一级或哪几级等位基因型核糖体。 评定的方式上应以有记事,仅限于确凿来源的就是范本、文献、 资料库、确凿层级、评定在手果等。 诊断确凿决定突 变核糖体评定,可根据《PCR进化等位原核生物体计划新科技诊断准则化 应以用北京专家共识》发表的漂白质等位基因型核糖体和临 床确凿总称以下 4 级。

对胚系等位基因型的验释

除了中会外病患就是范本及 重要的有外,另有 Online Mendelian Inheritance in Man (http:/ /omim.org)和美国政府 ACMG 可参见。 ACMG 就是范本将人体内核糖体致小儿官能的层级总称致小儿、疑 似致小儿、诊断含义未明、疑似良官能和良官能 5 个层级。 简报中会应以列于与遗传官能在手癌(如 FAP、Lynch 综 合征等)相龙门的致小儿以及疑似致小儿人体内,并对人体内 的致小儿官能顺利进言道数据分析理解[28] 。

含义不得而知核糖体的一处理方式

无论是甲状腺漂白质 等位基因型,或是胚系等位基因型,都不存在含义不得而知核糖体。 试验 一楼均需订立相龙门政策用来具体有是否简报或者不简报 诊断含义不得而知的核糖体,并附上说明和参见资料库, 并且要在简报中会注明本的试验一楼据悉诊断简报的 规则。

DPYD 验释在手果

中会等糖类型病患,应以基于 活官能百分比降偏高在在血糖;慢糖类型应以尽量惟恐毋须采用氟尿嘧 吡啶及其前体抗生素。 UGT1A1 验释在手果中会,UGT1A1∗28 和∗6 为纯合人体内型或双杂合人体内型的病患应以降偏高 伊立替康的血糖,中选血糖为 150 mg / m2 。

偏高金属量等位基因型在手果的一处理方式

对取样顺利进言道 NGS 审 量度时如显现较偏高金属量的等位基因型在手果( 上会有组织学取样偏高于 5%,体内取样偏高于 1%或偏高于验释 LoD)时,所建 商议立体化数据分析报告 NGS 试验平台官能能、进化等位原核生物体计划深度以及甲状腺 细胞内比例等因素立体化考虑。 值得注意对于小分子放射治疗相 龙门的等位基因所建商议采用其他验释原理顺利进言道大幅度验释 确认(如 Sanger,dPCR 等)。

知晓同意

所建商议共享病患手写或者该软件台湾版的知晓序言。

简报codice_

的试验一楼应以根据验释项目,给出对应以 的验释简报codice_(表 7),并构成 SOP 档案。 codice_中会 应以恰当列于验释简报中会应以共享的信息,如病患基本 信息、取样信息、验释信息、验释在手果、在手果解释、实 验一楼信息、验释原理的值得注意以及其他主旨等。

原始出一处

中会国抗癌联合会甲状腺小分子放射治疗专业值得注意委员会.在手癌分子在手构验释PCR进化等位原核生物体计划中会国专家共识 .诊断冠心病杂志 2021 年 3 翌年第 26 卷第 3 期 Chinese Clinical Oncology,Mar. 2021,Vol.26,No.3

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